Kasuga Arata levava uma vida normal de estudante ao lado de sua prima e amiga de infância Hijiri; porém, em um dia qualquer ele repara que no céu há um sol negro que ninguém mais nota, enquanto na escola uma garota lhe dá estranhos avisos. Em pouco, Kasuga descobre a verdade: três dias atrás sua região foi devastada por um fenômeno chamado “Breakdown Phenomen”, no qual um sol negro sugou e transformou em partículas tudo e todos à sua volta. Desde então Kasuga passou a viver em um mundo artificial criado pelo grimório de Hijiri, que era usuária de magia e foi levada para um universo paralelo durante o acidente.
Com um poderoso artefato em mãos, e tendo sua vida poupada por Lilith Asami, garota professora de uma escola de magia que veio investigar o ocorrido, Kasuga decide se matricular na “Royal Biblia Academy” com o intuito de achar um meio de resgatar Hajiri.