As garotas mágicas estão de volta e prontas para mais uma rodada de aventura! Depois de recuperar com sucesso as Cartas de Classe, as meninas mágicas Illya e Miyu, da quinta série, acham que finalmente podem ter calma. Mas, como o destino queria, as meninas são novamente chamadas ao serviço ativo quando descobrem que as Cartas deixaram alguns efeitos colaterais muito desagradáveis ​​em seu mundo. No entanto, sua missão aparentemente fácil dá errado com a aparência de um estranho sombrio que se parece com Illya! Quem é esse rosto novo, mas familiar, de onde ela veio e o que ela quer de Illya? Com a chegada deste novo inimigo, parece que Illya finalmente conheceu seu par quando sua vida cotidiana dá uma volta sombria!